Een ander, sterker broeikasgas dat ook vrij komt bij afbraak van organische stof is lachgas (N₂O, 265 keer sterker dan CO₂) [8]. In alle uitgestrekte moerasgebieden en meren in Siberië wordt methaan geproduceerd, en dat gaat sneller naarmate de temperatuur hoger is, omdat bacteriën actiever zijn bij hogere temperaturen.
Als methaan zich in de winter onder het ijs op meren verzamelt, en je hakt een gat in het ijs met een vlammetje erbij, kan dat spectaculaire plaatjes van vlammen boven het ijs opleveren. Sommige gebieden worden drassig, maar op andere plaatsen kunnen aardverschuivingen en erosie van de permafrost juist tot droogte leiden, doordat het water sneller afgevoerd wordt [9]. In dat geval wordt de organische stof vooral omgezet in CO₂.
Wat er precies gebeurt hangt af van plaatselijke omstandigheden. Die sterke afhankelijkheid van plaatselijke omstandigheden maakt het zo moeilijk om in te schatten hoeveel methaan en CO₂ er uiteindelijk in de atmosfeer terecht komt. De modellen waarmee schattingen berekend worden, kunnen eigenlijk alleen de diffuse emissie van methaan uit moerasbodems berekenen [10]. Modellen waarin de ingewikkelde processen van erosie en vorming van meren verwerkt worden, staan nog maar in de kinderschoenen [3].
In theorie zou een warmer klimaat, als gevolg van extra plantengroei, de opname van CO₂ kunnen stimuleren in koude gebieden. Maar in de praktijk valt dat tegen: de verhoogde opname van CO₂ wordt gecompenseerd door meer uitstoot uit de bodem vanwege die hogere temperaturen [11]. Bovendien vergroten drogere en warmere zomers ook de kans op bos- en toendra-branden. In veenlagen blijft het vuur lang doorsmeulen [12]. Ook dat is een bron van methaan. Permafrost vormt als het ware een deksel van ijs op het methaan (aardgas) dat uit diepere aardlagen omhoog sijpelt [13]. Hoe dikker dat deksel is, en hoe minder barsten erin door dooi, hoe beter de afdichting.

Figuur 2: Aardverschuivingen door ontdooiende permafrost aan de oever van een dooimeer. Foto door J. van Huissteden, locatie Kytalyk Research Station, Chokurdagh, Noordoost Siberië